452 km garā Gauja ir garākā Latvijā plūstošā upe (Daugava plūst Latvijā par aptuveni 100 km mazāk). Gaujas izteka pa gaisa līniju ir tikai 90 km attālumā no grīvas. Upes sateces baseins ir 9800 km² liels. Gaujas kritums ir 234 metri jeb 0,52 m/km.
18 km garumā Gauja tek kā Igaunijas un Latvijas robežupe. Igaunijas teritorija pie upes ir Gaujas-Mustjegi ainavu aizsardzības zona.
Lielākā Gaujas pieteka Igaunijā ir Mustjegi, kas ir 84 km gara un ar ļoti lielu ūdens baseinu – 1820 km², no kura lielākā daļa atrodas Igaunijā, un mazākā daļa atrodas Latvijā. Mustjegi kritums ir tikai 29,7 metri jeb 0,35 metri uz kilometru, tomēr ūdens bagātība tās straumi lejtecē padara diezgan ātru.
Pēc Gaujas un Mustjegi satekas Gauja strauji paplašinās līdz 40 metru platumam. Pēc tam Gauja tek pa Karulas nacionālā parka teritoriju. Upe ir īpaši piemērota mierīga rakstura ceļotājiem, kam nav vajadzīgas tādas nepārtrauktas adrenalīna devas kā krāces un citi ekstrēmi upes posmi. Upes plūdums ir salīdzinoši lēns, krasti ir zemi, upes gultne ir smilšaina un ar vienmērīgiem līkumiem, īpaši Mustjegi daļā. Gaujas krasti savukārt sākumā pārvēršas par gleznainām parkveida pļavām, vēlāk par augstiem smilšakmens atsegumiem. Gaujas upe ir piemērota vairākdienu pārbraucienu organizēšanai, jo attālumi ir gari, un krastos atrodas brīnumjaukas telšu un atpūtas vietas, kas pieder gan RMK, gan privātīpašniekiem.